Hiện nay, 12 xã biên giới đã có 54 cơ sở y tế xã, 78 cơ sở y tế thôn bản, tổ dân cư và 20 cơ sở quân y; mỗi xã có 5 cán bộ y tế và 7 y tế thôn bản bám sát địa bàn.

Quân y của bộ đội biên phòng cũng được tăng cường cho các xã biên giới để đối phó với sốt rét. Năm 2005, tỉnh thực hiện Đề án tăng cường bác sĩ tuyến tỉnh đến nhận nhiệm vụ luân phiên 6 tháng ở những xã chưa có bác sĩ tại chỗ, nâng cao được công tác khám chữa bệnh sốt rét cho người dân.

Tuy nhiên, hình thái giao lưu đi lại của người dân đã gây khó khăn lớn cho việc khống chế dịch bệnh. Qua theo dõi 8545 người (chiếm 21% dân số toàn huyện) có giao lưu thì 11,6% đi qua Lào, đi rừng và ngủ đêm tại rừng chiếm 71,4%, đi rẫy và ngủ đêm tại rẫy chiếm 17%.

Mặc dù công tác truyền thông giáo dục đã được triển khai tích cực nhưng việc phòng chống bệnh sốt rét của người dân còn hạn chế. Trong số những người có giao lưu đi Lào, ngủ ở rừng, rẫy chỉ có hơn 52% số người mang theo màn ngủ, hơn 31% số người xin cấp thuốc tự điều trị phòng bệnh và 11% xin cấp thuốc tự điều trị khi có sốt tại thôn, bản và tổ dân cư.

Để giảm thiểu số người đi rừng, rẫy ngủ không màn, Trung tâm phòng chống sốt rét đã thay thế màn ngủ bằng võng tẩm hóa chất xua diệt muỗi.